Gem-graph/README.md

# gem-graph is for: GE-ometric directed M-ulti-GRAPH

- A geometric graph is a graph whose nodes have coordinates in a space

- A graph is directed if its bonds are arrows

- It is a multigraph if several arrows can be stacked from one node to another one

- Note that 'directed' does not means 'oriented': a graph is oriented if one of its nodes is its root


Geometric directed multigraphs have properties that make them suitable for the representation of complex phenomena,
especially those where numerous different objects and types of interactions are involved.


gem-graph is a software that enables modelling with a geometric directed multigraph.


today (28-03-2011) two texts are under development:
* questions about the [architecture](architecture.md): identification and naming of the main parts of this program
* [theoretical issues](theory.md) : Rewritten Geometric Directed Multigraphs Properties. (JS dec 2017) 
                                    This text could be a starting point for a publication 

---

> Locos, formas modumque coherentiae omium rerum status depingit. Nihil aliud comprehendet.
> Eas res praecepta movet aut transformat. Nihil aliud facit. Quaedam tranformationes in sua potestate sunt.
> Aliae transformationes alii succedere debent.
> Interpositus status inter illas et istas jacet.
> Ab antecedente statu primarum ad sequentem statum secundarum iter nullius est nisi per suorum interpositum statum.

---

**Justification de gem-graph:**  
face à la difficulté de calculer les systèmes complexes définis par
- grande diversité des objets
- grande diversité des interactions, 
**une suite de choix:**
1.  représenter l'espace
2. un espace discret
3. un espace divisé en unités toutes semblables
4. des liens entre certaines de ces unités
5. utiliser un automate, i.e. un ensemble d'états et de transitions
6. les états représent l'espace
7. les transitions sont toutes des combinaisons d'un seul type de transition élémentaire
8. le codage des informations statiques (les états) et dynamiques (les transitions) est distinct
   conséquence: les états ne sont pas restreints à la représentation de l'espace
   ils peuvent inclure d'autres écritures utilisant le même encodage (ex: tags)
9. pas de contrainte sur la granularité: 
  la portée des liens entre unités de l'espace n'est pas limitée
10. le calcul est local, aléatoire, asynchrone
11. des interfaces sont possibles avec les modèles à fermions statistiques et / ou continus:
  les espaces sont superposés 
  et des conditions sur des variables locales intensives (concentrations, températures, débits...) 
  peuvent être ajoutées aux conditions propres du gem-graph
12. des interfaces sont possibles avec des représentations de bosons:
  les espaces sont superposés 
  et des conditions sur des variables locales intensives (flux, section efficace...)
13. la topologie, la dimension et la grandeur de l'espace ne sont pas contraintes

---

**Deux démarches convergentes:**
- des outils disponibles vers le mécanisme (synthétique ou bottom-up)
- du mécanisme vers les outils (analytique ou top-down)

---