diff --git a/data/gnuplot/a_cmd.plt b/data/gnuplot/a_cmd.plt new file mode 100644 index 0000000..11b4378 --- /dev/null +++ b/data/gnuplot/a_cmd.plt @@ -0,0 +1,8 @@ +# Fichier de commande pour gnuplot +# En ligne de commande : load "data/gnuplot/a_cmd.plt" +# + set zeroaxis + plot cos(x),\ + sin(x) + + reset \ No newline at end of file diff --git a/data/gnuplot/sin b/data/gnuplot/sin new file mode 100644 index 0000000..adff780 --- /dev/null +++ b/data/gnuplot/sin @@ -0,0 +1,15 @@ + -7.000 -0.657 + -6.000 0.279 + -5.000 0.959 + -4.000 0.757 + -3.000 -0.141 + -2.000 -0.909 + -1.000 -0.841 + 0.000 0.000 + 1.000 0.841 + 2.000 0.909 + 3.000 0.141 + 4.000 -0.757 + 5.000 -0.959 + 6.000 -0.279 + 7.000 0.657 diff --git a/data/image/.~lock.data as functions oftime.png# b/data/image/.~lock.data as functions oftime.png# new file mode 100644 index 0000000..14ac19c --- /dev/null +++ b/data/image/.~lock.data as functions oftime.png# @@ -0,0 +1 @@ +Jean Sirmai,jean,n-guix-port,03.08.2024 17:28,file:///home/jean/.config/libreoffice/4; \ No newline at end of file diff --git a/data/image/.~lock.data line graph extended.odg# b/data/image/.~lock.data line graph extended.odg# new file mode 100644 index 0000000..14ac19c --- /dev/null +++ b/data/image/.~lock.data line graph extended.odg# @@ -0,0 +1 @@ +Jean Sirmai,jean,n-guix-port,03.08.2024 17:28,file:///home/jean/.config/libreoffice/4; \ No newline at end of file diff --git a/data/image/ADP.png b/data/image/ADP.png new file mode 100644 index 0000000..975bea3 Binary files /dev/null and b/data/image/ADP.png differ diff --git a/data/image/AMP.png b/data/image/AMP.png new file mode 100644 index 0000000..71b7824 Binary files /dev/null and b/data/image/AMP.png differ diff --git a/data/image/ATP.png b/data/image/ATP.png new file mode 100644 index 0000000..ba106d3 Binary files /dev/null and b/data/image/ATP.png differ diff --git a/data/image/E coli (Goodsell) 2.png b/data/image/E coli (Goodsell) 2.png new file mode 100644 index 0000000..b2eb7d7 Binary files /dev/null and b/data/image/E coli (Goodsell) 2.png differ diff --git a/data/image/E coli (Goodsell).png b/data/image/E coli (Goodsell).png new file mode 100644 index 0000000..55b14b8 Binary files /dev/null and b/data/image/E coli (Goodsell).png differ diff --git a/data/image/E coli by D Goodsell.png b/data/image/E coli by D Goodsell.png new file mode 100644 index 0000000..763dcb3 Binary files /dev/null and b/data/image/E coli by D Goodsell.png differ diff --git a/data/image/aXoris.png b/data/image/aXoris.png new file mode 100644 index 0000000..1994d91 Binary files /dev/null and b/data/image/aXoris.png differ diff --git a/data/image/acetic acid.png b/data/image/acetic acid.png new file mode 100644 index 0000000..171bcb5 Binary files /dev/null and b/data/image/acetic acid.png differ diff --git a/data/image/ascorbic acid.png b/data/image/ascorbic acid.png new file mode 100644 index 0000000..5fa3ab2 Binary files /dev/null and b/data/image/ascorbic acid.png differ diff --git a/data/image/biotin.png b/data/image/biotin.png new file mode 100644 index 0000000..659589e Binary files /dev/null and b/data/image/biotin.png differ diff --git a/data/image/catécholamines.png b/data/image/catécholamines.png new file mode 100644 index 0000000..4878e2f Binary files /dev/null and b/data/image/catécholamines.png differ diff --git a/data/image/data bar graph vertical.png b/data/image/data bar graph vertical.png new file mode 100644 index 0000000..59f7a1f Binary files /dev/null and b/data/image/data bar graph vertical.png differ diff --git a/data/image/data chart line x measures y values degressive.png b/data/image/data chart line x measures y values degressive.png new file mode 100644 index 0000000..88bee11 Binary files /dev/null and b/data/image/data chart line x measures y values degressive.png differ diff --git a/data/image/data charts.png b/data/image/data charts.png new file mode 100644 index 0000000..5fe2e6a Binary files /dev/null and b/data/image/data charts.png differ diff --git a/data/image/data correlation 1.png b/data/image/data correlation 1.png new file mode 100644 index 0000000..d35a0e7 Binary files /dev/null and b/data/image/data correlation 1.png differ diff --git a/data/image/data correlations (4, horizontal).png b/data/image/data correlations (4, horizontal).png new file mode 100644 index 0000000..2be19db Binary files /dev/null and b/data/image/data correlations (4, horizontal).png differ diff --git a/data/image/data correlations (6).png b/data/image/data correlations (6).png new file mode 100644 index 0000000..689f51e Binary files /dev/null and b/data/image/data correlations (6).png differ diff --git a/data/image/data evolution (trends n > 30).png b/data/image/data evolution (trends n > 30).png new file mode 100644 index 0000000..9ba3675 Binary files /dev/null and b/data/image/data evolution (trends n > 30).png differ diff --git a/data/image/data evolution (extend).png b/data/image/data evolution (extend).png new file mode 100644 index 0000000..0e45255 Binary files /dev/null and b/data/image/data evolution (extend).png differ diff --git a/data/image/data evolution (synchro pulses).png b/data/image/data evolution (synchro pulses).png new file mode 100644 index 0000000..c6e37a4 Binary files /dev/null and b/data/image/data evolution (synchro pulses).png differ diff --git a/data/image/data evolution 10 lines.png b/data/image/data evolution 10 lines.png new file mode 100644 index 0000000..4b2da01 Binary files /dev/null and b/data/image/data evolution 10 lines.png differ diff --git a/data/image/data line graph extended.odg b/data/image/data line graph extended.odg new file mode 100644 index 0000000..1d87bc7 Binary files /dev/null and b/data/image/data line graph extended.odg differ diff --git a/data/image/data line graph.png b/data/image/data line graph.png new file mode 100644 index 0000000..01951a4 Binary files /dev/null and b/data/image/data line graph.png differ diff --git a/data/image/data many bars graph horizontal.png b/data/image/data many bars graph horizontal.png new file mode 100644 index 0000000..381500a Binary files /dev/null and b/data/image/data many bars graph horizontal.png differ diff --git a/data/image/data many bars graph vertical.png b/data/image/data many bars graph vertical.png new file mode 100644 index 0000000..381500a Binary files /dev/null and b/data/image/data many bars graph vertical.png differ diff --git a/data/image/data many bars vertical.png b/data/image/data many bars vertical.png new file mode 100644 index 0000000..16c7ca3 Binary files /dev/null and b/data/image/data many bars vertical.png differ diff --git a/data/image/data network interpretation (bump chart).png b/data/image/data network interpretation (bump chart).png new file mode 100644 index 0000000..7bc0c70 Binary files /dev/null and b/data/image/data network interpretation (bump chart).png differ diff --git a/data/image/data évolutions parallèles (n > 30) étendu.png b/data/image/data évolutions parallèles (n > 30) étendu.png new file mode 100644 index 0000000..966bf46 Binary files /dev/null and b/data/image/data évolutions parallèles (n > 30) étendu.png differ diff --git a/data/image/data évolutions parallèles (n > 30).png b/data/image/data évolutions parallèles (n > 30).png new file mode 100644 index 0000000..ffda56c Binary files /dev/null and b/data/image/data évolutions parallèles (n > 30).png differ diff --git a/data/image/dopamine.png b/data/image/dopamine.png new file mode 100644 index 0000000..5360f44 Binary files /dev/null and b/data/image/dopamine.png differ diff --git a/data/image/erythorbic acid.png b/data/image/erythorbic acid.png new file mode 100644 index 0000000..8e883e0 Binary files /dev/null and b/data/image/erythorbic acid.png differ diff --git a/data/image/folic acid.png b/data/image/folic acid.png new file mode 100644 index 0000000..0a4a7b0 Binary files /dev/null and b/data/image/folic acid.png differ diff --git a/data/image/glutamate.png b/data/image/glutamate.png new file mode 100644 index 0000000..dc474be Binary files /dev/null and b/data/image/glutamate.png differ diff --git a/data/image/glutamine.png b/data/image/glutamine.png new file mode 100644 index 0000000..7ac3bb7 Binary files /dev/null and b/data/image/glutamine.png differ diff --git a/data/image/glutathione.png b/data/image/glutathione.png new file mode 100644 index 0000000..c7e74bd Binary files /dev/null and b/data/image/glutathione.png differ diff --git a/data/image/glycerol.png b/data/image/glycerol.png new file mode 100644 index 0000000..f3da398 Binary files /dev/null and b/data/image/glycerol.png differ diff --git a/data/image/hb.png b/data/image/hb.png new file mode 100644 index 0000000..a010e57 Binary files /dev/null and b/data/image/hb.png differ diff --git a/data/image/insuline Zn.png b/data/image/insuline Zn.png new file mode 100644 index 0000000..9f7dd18 Binary files /dev/null and b/data/image/insuline Zn.png differ diff --git a/data/image/insuline.png b/data/image/insuline.png new file mode 100644 index 0000000..ea1c2a7 Binary files /dev/null and b/data/image/insuline.png differ diff --git a/data/image/lactic acid.png b/data/image/lactic acid.png new file mode 100644 index 0000000..21ed2e0 Binary files /dev/null and b/data/image/lactic acid.png differ diff --git a/data/image/legumin.png b/data/image/legumin.png new file mode 100644 index 0000000..1c54a84 Binary files /dev/null and b/data/image/legumin.png differ diff --git a/data/image/pantothenic acid.png b/data/image/pantothenic acid.png new file mode 100644 index 0000000..1baca2b Binary files /dev/null and b/data/image/pantothenic acid.png differ diff --git a/data/image/phénylalanine.png b/data/image/phénylalanine.png new file mode 100644 index 0000000..10498bf Binary files /dev/null and b/data/image/phénylalanine.png differ diff --git a/data/image/pyridoxin.png b/data/image/pyridoxin.png new file mode 100644 index 0000000..46965b1 Binary files /dev/null and b/data/image/pyridoxin.png differ diff --git a/data/image/riboflavin.png b/data/image/riboflavin.png new file mode 100644 index 0000000..2a9ea41 Binary files /dev/null and b/data/image/riboflavin.png differ diff --git a/data/image/ribonuclease.png b/data/image/ribonuclease.png new file mode 100644 index 0000000..bc5f680 Binary files /dev/null and b/data/image/ribonuclease.png differ diff --git a/data/image/xyz icon.png b/data/image/xyz icon.png new file mode 100644 index 0000000..83739eb Binary files /dev/null and b/data/image/xyz icon.png differ diff --git a/data/stamp/ADP.jpg b/data/stamp/ADP.jpg new file mode 100644 index 0000000..4693930 Binary files /dev/null and b/data/stamp/ADP.jpg differ diff --git a/data/stamp/ADP.pdf b/data/stamp/ADP.pdf new file mode 100644 index 0000000..9a2544e Binary files /dev/null and b/data/stamp/ADP.pdf differ diff --git a/data/stamp/AMP.jpg b/data/stamp/AMP.jpg new file mode 100644 index 0000000..5c9924e Binary files /dev/null and b/data/stamp/AMP.jpg differ diff --git a/data/stamp/AMP.xcf b/data/stamp/AMP.xcf new file mode 100644 index 0000000..058dbd4 Binary files /dev/null and b/data/stamp/AMP.xcf differ diff --git a/data/stamp/DNA.png b/data/stamp/DNA.png new file mode 100644 index 0000000..40b64a9 Binary files /dev/null and b/data/stamp/DNA.png differ diff --git a/data/stamp/balance icon.png b/data/stamp/balance icon.png new file mode 100644 index 0000000..b2f2d97 Binary files /dev/null and b/data/stamp/balance icon.png differ diff --git a/data/stamp/bug.png b/data/stamp/bug.png new file mode 100644 index 0000000..557fe6a Binary files /dev/null and b/data/stamp/bug.png differ diff --git a/data/stamp/buoy.png b/data/stamp/buoy.png new file mode 100644 index 0000000..3cab469 Binary files /dev/null and b/data/stamp/buoy.png differ diff --git a/data/stamp/calibrate.png b/data/stamp/calibrate.png new file mode 100644 index 0000000..6194097 Binary files /dev/null and b/data/stamp/calibrate.png differ diff --git a/data/stamp/camera icon.png b/data/stamp/camera icon.png new file mode 100644 index 0000000..9e961b2 Binary files /dev/null and b/data/stamp/camera icon.png differ diff --git a/data/stamp/camera.png b/data/stamp/camera.png new file mode 100644 index 0000000..ea28317 Binary files /dev/null and b/data/stamp/camera.png differ diff --git a/data/stamp/chart error bar.png b/data/stamp/chart error bar.png new file mode 100644 index 0000000..f1c47e7 Binary files /dev/null and b/data/stamp/chart error bar.png differ diff --git a/data/stamp/choice.png b/data/stamp/choice.png new file mode 100644 index 0000000..7e9ea8e Binary files /dev/null and b/data/stamp/choice.png differ diff --git a/data/stamp/clean.png b/data/stamp/clean.png new file mode 100644 index 0000000..e52571e Binary files /dev/null and b/data/stamp/clean.png differ diff --git a/data/stamp/crop.png b/data/stamp/crop.png new file mode 100644 index 0000000..66f8a08 Binary files /dev/null and b/data/stamp/crop.png differ diff --git a/data/stamp/crossroads.png b/data/stamp/crossroads.png new file mode 100644 index 0000000..5753056 Binary files /dev/null and b/data/stamp/crossroads.png differ diff --git a/data/stamp/data collection.png b/data/stamp/data collection.png new file mode 100644 index 0000000..ac8765f Binary files /dev/null and b/data/stamp/data collection.png differ diff --git a/data/stamp/diameter icon.png b/data/stamp/diameter icon.png new file mode 100644 index 0000000..2c29801 Binary files /dev/null and b/data/stamp/diameter icon.png differ diff --git a/data/stamp/factory.png b/data/stamp/factory.png new file mode 100644 index 0000000..81caf69 Binary files /dev/null and b/data/stamp/factory.png differ diff --git a/data/stamp/gem graph.png b/data/stamp/gem graph.png new file mode 100644 index 0000000..97805a2 Binary files /dev/null and b/data/stamp/gem graph.png differ diff --git a/data/stamp/harbor.png b/data/stamp/harbor.png new file mode 100644 index 0000000..a0bc155 Binary files /dev/null and b/data/stamp/harbor.png differ diff --git a/data/stamp/histo line empty dots.png b/data/stamp/histo line empty dots.png new file mode 100644 index 0000000..3d38f94 Binary files /dev/null and b/data/stamp/histo line empty dots.png differ diff --git a/data/stamp/linux.png b/data/stamp/linux.png new file mode 100644 index 0000000..d4ca845 Binary files /dev/null and b/data/stamp/linux.png differ diff --git a/data/stamp/measure balance science icon.png b/data/stamp/measure balance science icon.png new file mode 100644 index 0000000..0967811 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure balance science icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure caliper icon.png b/data/stamp/measure caliper icon.png new file mode 100644 index 0000000..95d5f20 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure caliper icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure centimeter icon.png b/data/stamp/measure centimeter icon.png new file mode 100644 index 0000000..09ded99 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure centimeter icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure compass icon.png b/data/stamp/measure compass icon.png new file mode 100644 index 0000000..9d58108 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure compass icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure pressure icon.png b/data/stamp/measure pressure icon.png new file mode 100644 index 0000000..925063a Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure pressure icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure size (height) icon.png b/data/stamp/measure size (height) icon.png new file mode 100644 index 0000000..38c21ef Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure size (height) icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure size icon.png b/data/stamp/measure size icon.png new file mode 100644 index 0000000..26eb371 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure size icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure sizes icon.png b/data/stamp/measure sizes icon.png new file mode 100644 index 0000000..e86e2b0 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure sizes icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure temperature icon.png b/data/stamp/measure temperature icon.png new file mode 100644 index 0000000..8e15ecb Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure temperature icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure time icon.png b/data/stamp/measure time icon.png new file mode 100644 index 0000000..c1ea731 Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure time icon.png differ diff --git a/data/stamp/measure tool scale icon.png b/data/stamp/measure tool scale icon.png new file mode 100644 index 0000000..b23c9aa Binary files /dev/null and b/data/stamp/measure tool scale icon.png differ diff --git a/data/stamp/mesure diameter icon.png b/data/stamp/mesure diameter icon.png new file mode 100644 index 0000000..9d13982 Binary files /dev/null and b/data/stamp/mesure diameter icon.png differ diff --git a/data/stamp/microscope.png b/data/stamp/microscope.png new file mode 100644 index 0000000..b4a186c Binary files /dev/null and b/data/stamp/microscope.png differ diff --git a/data/stamp/presentation.png b/data/stamp/presentation.png new file mode 100644 index 0000000..59996f5 Binary files /dev/null and b/data/stamp/presentation.png differ diff --git a/data/stamp/radar.png b/data/stamp/radar.png new file mode 100644 index 0000000..3947e4e Binary files /dev/null and b/data/stamp/radar.png differ diff --git a/data/stamp/radioactive.png b/data/stamp/radioactive.png new file mode 100644 index 0000000..f17c30c Binary files /dev/null and b/data/stamp/radioactive.png differ diff --git a/data/stamp/rider.png b/data/stamp/rider.png new file mode 100644 index 0000000..62214ac Binary files /dev/null and b/data/stamp/rider.png differ diff --git a/data/stamp/running.png b/data/stamp/running.png new file mode 100644 index 0000000..9d55e62 Binary files /dev/null and b/data/stamp/running.png differ diff --git a/data/stamp/répare.png b/data/stamp/répare.png new file mode 100644 index 0000000..4b46240 Binary files /dev/null and b/data/stamp/répare.png differ diff --git a/data/stamp/slack.png b/data/stamp/slack.png new file mode 100644 index 0000000..fa53c43 Binary files /dev/null and b/data/stamp/slack.png differ diff --git a/data/stamp/sprout (plant).png b/data/stamp/sprout (plant).png new file mode 100644 index 0000000..5bef329 Binary files /dev/null and b/data/stamp/sprout (plant).png differ diff --git a/data/stamp/stamp.png b/data/stamp/stamp.png new file mode 100644 index 0000000..dba59b1 Binary files /dev/null and b/data/stamp/stamp.png differ diff --git a/data/stamp/this way.png b/data/stamp/this way.png new file mode 100644 index 0000000..b427d9f Binary files /dev/null and b/data/stamp/this way.png differ diff --git a/data/stamp/transmission.png b/data/stamp/transmission.png new file mode 100644 index 0000000..4918500 Binary files /dev/null and b/data/stamp/transmission.png differ diff --git a/data/stamp/tree view.png b/data/stamp/tree view.png new file mode 100644 index 0000000..4a3652b Binary files /dev/null and b/data/stamp/tree view.png differ diff --git a/data/stamp/venn diagram.png b/data/stamp/venn diagram.png new file mode 100644 index 0000000..7120e64 Binary files /dev/null and b/data/stamp/venn diagram.png differ diff --git a/data/stamp/wheat.png b/data/stamp/wheat.png new file mode 100644 index 0000000..23a0f1a Binary files /dev/null and b/data/stamp/wheat.png differ diff --git a/data/stamp/work in progress.png b/data/stamp/work in progress.png new file mode 100644 index 0000000..176cc4d Binary files /dev/null and b/data/stamp/work in progress.png differ diff --git a/data/text/pratique.txt b/data/text/pratique.txt new file mode 100644 index 0000000..f9aecad --- /dev/null +++ b/data/text/pratique.txt @@ -0,0 +1,103 @@ + ERGONOMIE, PRÉFÉRENCES ----------------------------------------------- + + Liste des préférences possibles : + + - polices, couleurs, apparences des widgets (icones, textes, traductions) + - widgets 'mandatory' vs d'autres facultatifs (à certains emplacements) + >> sélection de certains widgets (parmi une liste) + - disposition 'libre' de certains boutons ? de certaines 'sous-fenêtres' ? + - macros (habitudes, facilitation de cycles de travail) + (accepter plusieurs chemins possibles pour effectuer une même tâche) + + + + + + /**********************************************************************/ + É D I T I O N D E M E S U R E S + /**********************************************************************/ + + ÉDITION DE MESURES + + (1) SÉLECTION d'un ou plusieurs ensembles de règles (au moins une règle) + + (2) ACTION à exécuter orsque l'une de ces règles est appliquée: + + - incrémentation d'un 'compteur de règle' + - calcul d'un 'temps' entre une 'règle de début' et une 'règle de fin' + (quel 'temps' choisir ?) + - mesure d'une valeur modifiée 'avant / après' + + (3) OBSERVATIONS POSSIBLES + + - fréquence d'utilisation d'une règle + - durée de vie d'un objet ou d'une situation + - variation d'une grandeur (autre que le temps) avant / après + + (*) ANALYSE DE L'ÉTAT (pattern recognition) + + À quelle fréquence ? + Systématiquement ? Aléatoirement ? Les deux ? + Signal déclenchant ? (exécution d'une règle) (ou d'une dans un groupe) + + + /**********************************************************************/ + D A T A B A S E R É S U L T A T S + /**********************************************************************/ + + + /**********************************************************************/ + P R É S E N T A T I O N R É S U L T A T S + /**********************************************************************/ + + + + <> + + + + + EXEC / EDIT ---------------------------------------------------------- + + Les commandes se regroupent par blocs + selon leurs fonctions et/ou leurs présentations. + + Les commandes de 'mouvement' ou de gestion du temps de simulation : + - run/stop, slow down/speed up, step by step, do/undo/redo + + le buffer [elapsed time] qui montre le temps de simulation écoulé + + Les commandes qui modifient la perception de l'espace (la caméra) + - son orientation (X,Y,Z), + + l'orientation (X,Y,Z) de l'état dans l'espace (six possibilités), + + le zoom, + + les paramètres qui définissent la perspective + (distances oeil/écran, écran/objet virtuel) + + Les commandes qui modifient les apparences des objets dans l'espace + (couleur, transparence...) et des situations d'intérêt + + Les commandes qui modifient l'apparence de l'espace lui-même + (grilles, +/- surfaces, aspect des flèches, etc.) + + Les commandes d'édition locales + (drag and drop une flèche) + ('faire de la place' pour insérer) + (sélectionner pour déplacer ou enlever...) + + Les commandes d'édition globales + ex: introduire, retirer, transformer (n) objets dans l'espace + systématiquement ou aléatoirement + + NB Toute édition effectuée sur une zone d'intérêt doit pouvoir être + automatiquement appliquée à d'autres zones d'intérêt similaires + + EN MODE EXEC, AUCUNE COMMANDE NE DOIT PERMETTRE D'ÉDITER L'ESPACE + EN MODE EDIT, AUCUNE COMMANDE NE DOIT PERMETTRE D'EXÉCUTER UN RUN + + Les transitions entre ces deux modes + demandent s'il y a lieu de sauver l'état courant + + + + + diff --git a/data/text/théorie.txt b/data/text/théorie.txt new file mode 100644 index 0000000..1ad7edc --- /dev/null +++ b/data/text/théorie.txt @@ -0,0 +1,237 @@ + Représentations de phénomènes complexes par des réécritures de multigraphes géométriques (déc 2017). + + + Espace, objets. + + Gem-graph (une abréviation pour "graphes géométriques") permet de représenter par des dessins + divers objets en interaction. Ces dessins peuvent ensuite être animés par un automate. + Il est ainsi possible de modéliser des phénomènes complexes. + (phénomènes complexes = nombreux objets divers + nombreuses interactions diverses) + Il serait difficile de saisir cette diversité par des équations. + + L'espace où ces dessins sont réalisés est dérivé d'un espace euclidien orthonormé. + Il est homogène et isotrope mais doit être discrétisé pour pouvoir être traité automatiquement. + Il est régulièrement pavé, + c'est-à-dire composé d'unités juxtaposées toutes semblables appelées "cellules". + + Les dessins sont effectués au moyen au moyen de symboles appelés "flèches". + Une flèche va d'une cellule à une autre. + Les flèches sont représentées dans la cellule d'où elles partent (la cellule origine). + Pour ce faire, chaque cellule possède des sites. + Chaque site est dirigé vers une cellule cible voisine et une seule. + Le nombre et l'attribution des sites définit le voisinage. + La cellule origine peut également être sa propre cible. + Toutes les cellules ont le même nombre et la même disposition de leurs sites. + Chaque cellule peut avoir au plus autant de sites qu'il y a d'autres cellules dans l'espace. + Chaque site peut contenir zéro, une ou plusieurs flèches. + Qu'elle soit désignée (ciblée) ou non + par une ou éventuellement plusieurs flèches provenant de cellules voisines, + une cellule peut elle-même contenir zéro, une ou plusieurs flèches ré + parties dans ses propres sites. + Le nombre et la disposition des flèches qu'une cellule émet vers ses voisines et vers elle-même + est donc indépendant du nombre et de la disposition de celles qu'elle reçoit. + + Toute distribution de flèches dans l'ensemble des sites de toutes les cellules de l'espace + réalise un graphe et définit un état de l'espace. + Aucun autre symbole que les flèches n'intervient dans cette définition. + + Un objet est une partie connexe isolée de ce graphe. + Chaque état de l'espace, sauf si cet espace est complètement vide ou saturé, + décrit au moins un objet. + Le nombre et la forme des objets qui peuvent être représentés ne sont limités que + par les dimensions de l'espace. + Il peut s'agir de monomères, polymères, cordes, nœuds, surfaces, volumes, cavités, etc. + et ils peuvent être associés dans le même espace + pour décrire des structures de plus en plus complexes + (solides, fluides, membranes, compartiments, machines élémentaires, etc.). + Leurs combinaisons permettent donc de représenter simultanément et dans le même espace + un grand nombre de situations diverses. + Toutes ces représentations n'utilisent qu'un seul et même symbole: la flèche. + + Règles de transition. + + Les règles de transition font évoluer ces situations. + Chaque règle de transition associe plusieurs règles élémentaires dans un ordre quelconque. + Chaque règle élémentaire associe une condition et une assignation. + Les deux concernent le même site dans la même cellule. + Une condition associe les coordonnées d'un site dans une cellule à un nombre (c). + Si le nombre de flèches de ce site est égal à (c), alors la condition est satisfaite. + Sinon, elle ne l'est pas. + Une assignation associe les coordonnées d'un site dans une cellule à un nombre (a). + Si l'assignation est réalisée, alors le nombre de flèches qui contient ce site devient égal à (a). + Une règle élémentaire peut modifier ou non l'état de l'espace. + Une règle de transition doit comporter au moins une règle élémentaire + et ne doit pas en comporter plus d'une concernant un même site. + + Chaque règle de transition définit deux états de l'espace : un initial et un final. + Elle les définit complètement + si elle combine autant de règles élémentaires qu'il y a de sites dans l'espace. + Sinon, elle les définit partiellement ou localement. + Inversement, pour toute paire formée de deux états quelconques de l'espace, + il existe toujours une règle et une seule qui décrit la transition du premier à l'autre. + + La réécriture du graphe permet d'associer à chaque objet ou groupe d'objets + un mouvement, une déformation, un transport ou une transformation + qui lui confère des propriétés variées : + force, flexibilité, élasticité, perméabilité, fluidité, viscosité, etc... + Des flèches dirigées vers des cellules vides + peuvent être utilisées pour générer des connexions aléatoires + qui peuvent mimer des défauts structurels ou des mutations. + Grâce à ces approximations, de multiples interactions entre une grande variété d'objets + peuvent être décrites simultanément dans un même modèle. + + Propriétés des règles de transition. + + Pour tout état, il existe une seule règle de transition neutre qui ne modifie pas cet état. + Toute règle de transition a une seule règle inverse + qui produit son état initial à partir de son état final. + Étant donné deux états (1) et (2) il existe toujours au moins une règle de transition + produisant l'état (2) à partir de l'état (1) + L'une de ces règles est la plus simple possible. + Étant donné deux règles (a) et (b) dont l'état final de (a) est égal à l'état initial de (b), + il existe une seule règle (c) (dite "composée") qui va de l'état initial de (a) à l'état final de (b). + Si cette règle (c) fait partie de l'automate, le passage par l'état entre (a) et (b) est facultatif. + Sinon, il est nécessaire. Dans ce cas, la règle (a) sera toujours exécutée avant la règle (b). + Par conséquent, la propriété modélisée par la règle (a) peut être interprétée + comme une cause de la propriété modélisée par la règle (b). + Étant donné trois règles (a), (b) et (c) avec l'état final de (a) égal à l'état initial de (b) + et l'état final de (b) égal à l'état initial de (c), + il existe une seule règle de transition de l'état initial de (a) à l'état final (c). + Cette règle peut être produite par les compositions successives + de (a * b) * c ainsi que de a * (b * c). (associativité) + + L'aire d'une règle est constituée par l'ensemble des cellules + contenant un site sur lequel il existe une condition + à condition qu'aucune cellule ne soit modifiée par une assignation + sans avoir été préalablement testée par au moins une condition. + + Automate. + + Un automate spatial est un ensemble de règles de transition + associées à un état initial de l'espace. + Toute l'information statique est dans l'espace. + Toute l'information dynamique est dans les règles. + L'automate n'utilise aucune autre information. + Il doit contenir au moins une règle de transition + et ne doit pas en associer deux identiques. + Les transitions sont locales et asynchrones. + Elles peuvent être réalisées en parallèle + si leurs espaces d'application ne se chevauchent pas. + Elles sont des processus de Markov. + Lors d'une transition, toutes les règles de transition sont évaluées. + Si plusieurs peuvent s'appliquer, + l'une d'entre elles est choisie au hasard ou selon tout autre algorithme. + + Arbre des conditions. + + Toutes les règles de transition d'un même automate peuvent être regroupées en un seul arbre : + l'arbre des conditions. + Cet arbre peut être créé automatiquement à partir d'une liste de règles. + Chaque règle est inscrite dans l'arbre + sous la forme d'un chemin allant de la racine à une feuille. + Ce chemin liste toutes les conditions qui doivent être remplies + pour que cette règle de transition soit appliquée. + Dans chaque chemin, l'ordre des conditions est le même. + Il fait référence à un ordre + défini précédemment sur l'ensemble des sites de toutes les cellules + où une règle élémentaire peut s'appliquer. + Cet ordre est le même pour toutes les règles. + A chaque noeud, chaque règle de transition suit la branche + dont le numéro est égal au nombre de flèches qui ont satisfait à sa condition pour ce site. + Deux règles suivent le même chemin à partir de la racine + tant qu'elles partagent les mêmes conditions. + Lorsqu'elles diffèrent sur une condition, + elles suivent alors deux branches différentes. + A chaque site sur lequel une règle a une condition correspond au moins un noeud. + Chaque nœud peut avoir autant de branches + qu'il peut y avoir de flèches dans un site (y compris zéro) plus une. + Cette branche, dite neutre, est suivie par les règles + qui n'ont pas de condition sur ce site mais qui ont tout de même des conditions + qui n'ont pas été évaluées jusqu'ici lors du parcours de l'arbre. + + Performances. + + La vitesse d'exécution de l'automate dépend de la profondeur moyenne de l'arbre des transitions + et du nombre de branches neutres. + Si toutes les situations possibles sont chacune décrites par une règle, + il n'y a pas de branches neutres et la performance est proportionnelle + à la profondeur moyenne de l'arbre des transitions. + La profondeur maximale de l'arbre ne peut pas dépasser le nombre de sites + que contient l'espace d'application de la règle (ou espace de travail). + Si certaines situations possibles ne sont pas décrites par une règle, il y a des branches neutres. + Dans ce cas, l'exploration de l'espace de travail peut ne conduire à aucun changement. + Plus il y a de branches neutres, plus l'exploration de l'arbre est longue. + En effet, les nœuds qui ont une branche neutre doivent éventuellement être explorés plusieurs fois. + Cela se produit si l'exploration de leurs branches non neutres échoue + ou si plusieurs transitions sont possibles à partir de ce nœud + avec chacune une probabilité inférieure à 1 + (leur somme étant égale à 1). + La vitesse dépend aussi de la taille de la zone couverte par l'ensemble des règles de transition + (l'espace de travail). + Cette taille limite principalement le nombre de processus parallèles possibles dans l'espace. + + La granularité n'est pas fixée une fois pour toutes. + Il est possible de gérer simultanément des objets ou parties d'objets proches et lointains + en combinant des flèches de courte et longue portée. + Celles-ci permettent de détailler des zones d'intérêt locales + au sein d'une situation décrite de manière globale + et d'associer différents niveaux de granularité + jusqu'à une approximation d'un espace continu. + En utilisant les flèches, il est également possible d'inscrire dans l'espace + des étiquettes spécifiques qui peuvent être associées à n'importe quel objet ou situation. + Cette technique permet de maintenir une séparation claire + entre les informations statiques et dynamiques + en utilisant des méthodes de reconnaissance de formes automatiques. + Cette séparation est la condition d'une conception unique des règles + qui permet, à son tour, leur réécriture automatique. + + Opérations sur les automates. + + Plusieurs automates peuvent être ajoutés (additionnés) les uns aux autres + à condition que leurs espaces partagent la même dimension et le même pavage. + Lors d'une opération d'addition, des objets provenant de modèles différents + doivent être dessinés dans un nouvel espace (sans y être superposés) + pour construire un nouvel état initial. + Toutes les règles provenant des modèles à additionner peuvent être regroupées + dans un même arbre puisqu'elles utilisent le même formalisme. + Au cours du processus d'addition, des redondances ou des conflits peuvent apparaître. + Il y a redondance lorsque deux règles provenant de modèles différents + effectuent des opérations identiques sur des situations identiques. + Dans ce cas, une seule instance de ces règles doit être conservée. + Il y a conflit lorsque deux règles provenant de modèles différents + effectuent des opérations différentes sur certains objets ou situations. + Les règles peuvent être incomplètes ou inadéquates. + Deux types de solutions sont alors possibles et non exclusives : + modifier les formes des objets + et/ou ajouter de nouvelles conditions à certaines règles + afin de restreindre leur domaine d'application. + Si les représentations des modèles sont correctes, + alors les conflits révèlent une contradiction entre les modèles eux-mêmes : + une opération effectuée par un modèle n'est pas compatible avec l'autre. + Des conflits peuvent également apparaître + lorsqu'un objet unique est associé à plusieurs tags différents + (les tags peuvent être utilisés comme des clés). + + Un modèle gem-graph peut être associé à une description continue + (par équations différentielles) d'une répartition de fermions (gradient, champ) + et à des phénomènes décrits par des bosons. + Dans ces deux cas, une condition et une action spécifique sont nécéssaires. + + Perspectives. + + Production automatique (par IA) d'ensembles de règles de transition + à partir de la définition graphique des états initiaux et finaux. + Aide graphique pour l'édition de règles individuelles + à partir de dessins schématiques de situations. + Ajout d'objets et de règles à partir de plusieurs modèles indépendants. + Cette propriété pourrait permettre d'intégrer des modèles + conçus ou développés par différentes équipes + travaillant en parallèle sur des mécanismes distincts impliquant les mêmes objets. + Les méta-règles pourraient aider à détecter les règles incomplètes ou incompatibles. + La production aléatoire de règles peut être utilisée + pour simuler l'apprentissage de modèles ou des phénomènes évolutifs. + Des méta-règles peuvent être utilisées pour éliminer les règles mal construites + avant leur exécution. + + + \ No newline at end of file